Pragnęliśmy stworzyć przede wszystkim taką szkołę, w której problem wychowania jest równie ważny jak poziom kształcenia. Myślę, że w dużym stopniu udało się to marzenie zrealizować. Dzięki dyrekcji, nauczycielom i wszystkim pracownikom szkoły, łącznie z osobami pracującymi fizycznie, bo oni razem tworzą atmosferę szkoły, udało się stworzyć miejsce, w którym nie tylko dba się o jak najwyższy poziom edukacji, ale przede wszystkim stara o najlepsze wychowanie. Myślę, że odpowiednia atmosfera w szkole daje możliwość dobrego wychowania.

Kiedy w 1983 r. Stowarzyszenie Przymierze Rodzin rozpoczynało swoją działalność, nie było jeszcze planów, by w przyszłości miało prowadzić szkoły. Zakładano grupy działające przy parafiach, organizowano obozy dla dzieci i młodzieży. Dopiero w latach 90. pojawił się pomysł, aby Przymierze Rodzin zajęło się również kształceniem, i wtedy powstały szkoły w Garwolinie i na Ursynowie; pod skrzydła Stowarzyszenia przyjęta została także szkoła na Mokotowie.

Jako że wiele osób mieszkających w północnej części Warszawy również zainteresowało się placówkami prowadzonymi przez Przymierze Rodzin, już w 1999 r. podjęto intensywne starania o pozyskanie od gminy Bielany budynku po wygasłej szkole. Było kilka wstępnych propozycji przyjętych przez Przymierze, lecz z różnych względów żadna nie doszła do skutku. W 2003 r. Urząd m.st. Warszawy ogłosił konkurs na wykorzystanie budynku przy ul. Nocznickiego 7. Warunki były dla szkoły społecznej trudne do spełnienia, ale Przymierze stanęło do konkursu i wygrało. 20 sierpnia 2003 r. otrzymało klucze do budynku i w dziesięć dni musiało go przygotować na przyjęcie pierwszych uczniów. Wiele wcześniej zapisanych dzieci zrezygnowało, bo nie było pewności, czy szkoła będzie gotowa na przyjęcie uczniów 1 września. Trudno się temu dziwić, biorąc pod uwagę, jak wyglądała przed remontem.

Budynek był w bardzo złym stanie. Przymierze z pełną determinacją przystąpiło do przeprowadzenia kapitalnego remontu. Koncepcję architektoniczną szkoły opracowała pro publico bono pracownia Szaroszyk & Rycerski Architekci. Zaangażowano znaczne środki finansowe, mimo niepewności, jak długo Miasto będzie wydzierżawiać budynek.

Szkoła nr 3 Przymierza Rodzin zainaugurowała działalność w roku szkolnym 2003/2004. Na początku uczyło się w niej sześćdziesięcioro dziewięcioro uczniów w siedmiu klasach (od zerówki do klasy VI). Pracowało piętnaścioro nauczycieli. Przez cały rok trwał remont, który ukończono w sierpniu 2004 roku.

W drugim roku działalności, kiedy szkoła podstawowa już dobrze funkcjonowała, utworzono gimnazjum. 14 września 2004 r. ksiądz prymas poświęcił szkołę, która przyjęła imię Sługi Bożego ks. Jerzego Popiełuszki.

W 2005 r. Rada m.st. Warszawy podjęła uchwałę o wydzierżawieniu Przymierzu Rodzin budynku przy ul. Nocznickiego 7 wraz z działką na okres trzydziestu lat.

W połowie 2006 r. Przymierze podjęło jeszcze jedną istotną decyzję – o budowie przy naszej szkole ziemnych obiektów sportowych. Jak wcześniej przy remoncie budynku, tak i teraz z pomocą przyszła Elżbieta Rufener-Sapieha. Otrzymaliśmy też z Urzędu m.st. Warszawy ulgę w postaci obniżenia czynszu o 50% przez jeden rok. Wszystkie obiekty: boisko do piłki nożnej i ręcznej, boisko do siatkówki i koszykówki, bieżnia, skocznia i plac gier sportowych dla najmłodszych zostały uroczyście otwarte w październiku 2006 r.